Bên cạnh việc trang bị cho các lớp học, các khu chức năng để phục vụ cho việc dạy và học, khu bán trú cũng được trường Lý Công Uẩn rất quan 
tâm để mang đến cho các em học sinh một cuộc sống học đường tốt đẹp.
Hệ thống các phòng ngủ bán trú được bố trí riêng biệt dành cho học sinh nam và học sinh nữ. Các phòng ngủ đều có trang bị điều hoà nhiệt độ, tủ để đồ, có đủ chăn, gối cho cá nhân học sinh, công trình phụ khép kín tại các tầng thuộc khu vực phòng ngủ.
Với đội ngũ các giám sát học đường có trách nhiệm, yêu thương và chăm sóc học sinh theo phương pháp khoa học, học sinh bán trú của trường sẽ được quản lí chặt chẽ. Phụ huynh sẽ được thông báo kịp thời nếu có vấn đề liên quan đến việc sử dụng dịch vụ của con. Điều này giúp các bậc phụ huynh yên tâm khi gửi con vào trường. Hai tuần một lần, học sinh được yêu cầu đưa chăn gối, ga về nhà giặt để đảm bảo vệ sinh chung. Để tạo sự thuận lợi cho các em, nhà trường cung cấp dịch vụ giặt là.
Bếp ăn của nhà trường đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm. Thực đơn các bữa ăn được xây dựng một cách khoa học và thay đổi thường xuyên để đảm bảo cung cấp đầy đủ chất dinh dưỡng và cảm giác ngon miệng cho các em học sinh. Ngoài bữa ăn chính, học sinh còn được phục vụ một bữa ăn phụ vào giữa giờ chiều. Bữa phụ đối với các bạn cấp 2 trở lên sẽ được lựa chọn đồ uống hoặc đồ ăn trong ngày tại căng tin và tự thanh toán bằng thẻ.