Bên cạnh việc trang bị cho các lớp học, các khu chức năng để phục vụ cho việc dạy và học thì khu bán trú cũng được trường Lý Công Uẩn rất quan tâm để mang đến cho các em học sinh một cuộc sống học đường tốt đẹp.

Hệ thống các phòng ngủ bán trú của nhà trường được bố trí riêng biệt dành cho học sinh nam và học sinh nữ. Các phòng ngủ đều có trang bị điều hoà nhiệt độ, tủ để đồ, có đủ chăn, gối cho cá nhân học sinh,  có giá để giầy dép, có công trình phụ khép kín tại các tầng thuộc  khu vực phòng ngủ. Với đội ngũ các giám sát học đường  có trách nhiệm, yêu thương và chăm sóc học sinh theo phương pháp khoa học các  học sinh bán trú của trường sẽ  được quản lí chặt chẽ giúp các bậc phụ huynh hoàn toàn yên tâm khi gửi con vào trường.

Thực đơn các bữa ăn được xây dựng một cách khoa học và thay đổi thường xuyên để đảm bảo cung cấp đầy đủ chất dinh dưỡng và cảm giác ngon miệng cho các em học sinh. Ngoài bữa ăn chính, học sinh còn được phục vụ một bữa ăn phụ vào giữa giờ chiều.